Existen algunas razones por las cuales eMule puede desconectarse de un servidor:
• Demasiados archivos en la lista de descargas (sólo versiones anteriores a v0.30a).
• Demasiados archivos compartidos (sólo versiones anteriores a la v0.29a).
• Problemas en el servidor.
• Problema desconexión de red.
eMule habitualmente se vuelve a conectar al perder la conexión con el servidor. Éste no es ningún problema grave.