Una manera sencilla es con un comprimidor.
En el mercado estan Alzip, Winrar o Winzip entre los más conocidos.
Quiza Winrar sea el mas facil de utilizar. Coges una carpeta lo comprimes y en una de las opciones te dice para poner una contraseña.
La desventaja es que cada vez que lo quieras abrir tienes que descomprimirlo, pero dependiendo del archivo no se tarda nada