Hola b3n0x.
Casi todos los navegadores (o todos) incluyen la opción de borrar los datos de navegación, así que en principio no se necesita software adicional.
Si no, puedes probar herramientas para eliminar todo tipo de archivos temporales (entre ellos las huellas), como CCleaner (aunque no funciona con Opera 10, según he probado).
Otra opción más directa es usar navegadores que no dejen huella, como el navegador de incógnito de Chrome, inPrivate de IE, o algún navegador que está diseñado exclusivamente para ello. Si usas firefox, puedes probar esta extensión:
https://addons.mozilla.org/es-ES/firefox/addon/8686
También existen muchas herramientas específicas para borrar huellas, aunque ahora no me viene a la cabeza ninguna.
Saludos